实验室定位于应用基础研究。

面向我国粮食安全、生态安全和食品安全的重大需求，围绕绿色农药创制中的共性基础理论与关键技术，针对农药创制和应用中原创性靶标匮乏、创制效率低、品种老化和农药抗性的分子调控机制复杂、环境生态风险凸显、农药利用率低等关键科技问题，开展绿色农药创制基础理论创新与关键技术研发。在基础理论创新方面，重点发展绿色农药靶标组理论，创新原创性靶标发现技术，发现原创性新靶标，发展绿色农药分子设计新理论，设计全新分子骨架的农药先导化合物，创新高效、环保、安全的绿色农药。从前沿基础研究、共性关键技术、重大产品创制、产业化及应用技术等方面系统布局，形成绿色农药创新与应用方面的完整链条，创制一批重大的绿色农药新品种，将实验室建设成为国际领先的绿色农药创新高地、人才培养摇篮、成果转化示范区和国际合作交流中心。